1、办公室

 负责保护区政务工作；负责拟定工作计划，制定并落实各项工作制度；负责法制、文秘、机要、档案、信访、保密、政务公开、外事等工作；负责后勤保障、车辆管理、接待、基建等工作。    

  2、组织人事科

 负责保护区党务；负责贯彻落实党和国家有关组织、人事、劳动、统战、侨务、老干部等方面的方针政策；负责干部人才队伍管理、机构编制、人事调配、职称评聘、职工培训、工资福利、社会保险等工作；协调工、青、妇工作，保障并维护职工合法权益。
    3、纪检科

 负责监督检查保护区党组织、党员、干部、职工执行党的路线、方针、政策及遵守《党章》党纪和有关规章制度的情况；负责受理和查处有关违反党纪政纪行为的检举、控告和申诉等工作；负责保障党员的权利。
    4、计划财务科

负责保护区预（决）算，资金筹措、使用、管理等工作；负责制定年度财务计划并组织实施；负责国有资产管理、统计、财务及专控商品购置申报工作；负责项目总体的筛选、申报、储备等工作；负责林业重点工程资金及其它各项资金的申报、储备、监督、管理、使用等工作。
    5、资源管理科

 负责执行保护区相关法律、法规和政策；负责自然资源和生态环境管理等工作；负责资源巡护、生态监测、禁毒、森林资源档案管理等工作；负责保护区内《森林法》《草原法》《自然保护区条例》等法律法规规章规定的各类涉林涉草违法案件的查处工作。
    6、科研管理科

 负责保护区科研工作，组织科研考察；负责科研课题的研究、论证、申报，新技术推广应用等工作；负责与国内国际有关科研单位开展交流合作等工作；负责科普、科技档案管理等工作；负责森林草原有害生物预测测报、防治检疫，野生动物疫源疫病监测、防控等工作；负责森林保险、乡村振兴等工作。

  7、火灾预防科

 负责保护区森林草原防火工作；负责制定森林草原防火制度、预案并组织实施；负责防火项目论证、申报并组织实施；负责防火值班、火情预警、防火宣传等工作；负责防火物资、通讯设施管理等工作；负责安全生产、平安甘肃建设等工作。
    8、信息宣传科

 负责保护区意识形态、林业信息化、宣传、文化建设等工作；负责网络舆情监测、新闻媒体联络协调、政务信息审核公开、网站管理等工作；负责森林生态旅游、社区共管等工作。
    9、生态工程管理科

 负责保护区森林资源调查规划设计等工作；负责天然林资源保护、退耕还林、三北防护林建设、森林生态效益补偿、造林补贴等工程项目管理工作；负责苗圃、基地建设管理等工作。
    10、保护站

 上东山、沙河滩、唐坊滩、八度、磨沟、九甸峡6个保护站。主要职责：负责辖区森林资源保护，组织开展巡查巡护；负责林地管理、生态修复、野生动植物保护、防火、林业有害生物防治、禁毒铲毒等工作；负责保护站、点基础设施建设等工作；负责林业法律法规宣传等工作。